有关1978年甲级战犯合祀入靖国神社的前因后果，日本政府一直坚称“是神社作出的决定，政府毫不知情”。但日本国立国会图书馆28日公开《新编靖国神社问题资料集》，使靖国神社合祀战犯的内幕首度曝光。资料显示，日本厚生省曾频繁与靖国神社进行协商并发表意见，在合祀问题上积极介入并起到主导作用。有媒体指出，这暴露出日本政府无视宪法规定的“政教分离原则”，势必会对亚洲外交以及日本国内有关首相参拜靖国神社的讨论形成重大影响。当日，日本首相安倍及官房长官盐崎恭久相继表态，否认政府主导靖国神社合祀战犯。
由于前首相小泉多次参拜靖国神社，导致日本国内外对靖国神社问题高度关注，许多国会议员要求就相关资料进行再调查。日本国立国会图书馆从去年开始重新收集有关靖国神社问题的资料，共整理出约1200页808份资料，其中包括很多靖国神社此前一直“秘而不宣”的有关合祀资格审核和合祀手续的文件。这次公布的新资料被视为记载甲级战犯合祀过程的一级珍贵史料。资料集为非卖品，预定今年5月在国会图书馆的网页上公开。
据资料显示，一份1958年4月9日的“碰头会”会议记录表明，厚生省曾提议将乙级和丙级战犯进行合祀。厚生省当时在会上建议“对于乙级以下(战犯)，对其情况进行个别审议，如果没有什么障碍，则在不对外张扬的情况下列入合祀名单，可否？希望神社方面就其可行性进行研究”。
在一份由靖国神社调查部汇总、日期为1969年1月31日的“讨论资料”明确说道“可以(将甲级战犯)合祀”，最后还附有注释称“(靖国神社)总代会也是这个意思，但应避免对外发布”，从中可以看出当时对舆论的动向仍有所顾虑。其后，靖国神社于1970年正式决定合祀甲级战犯，但考虑到内外局势，到了1978年才真正实现14名甲级战犯的合祀。
对此，日本首相安倍29日在首相官邸表态称：“不存在什么问题。进行合祀的是(靖国)神社。(厚生省)只是应要求提供了相关信息而已。”对于资料显示厚生省建议靖国神社悄悄合祀乙、丙级战犯的事实，安倍强调日本政府在合祀问题上的介入程度有限，不存在强制性，因而与政教分离原则不抵触。
日本共同社指出，相关内部资料清晰反映出日本政府与靖国神社方面联手促成甲级战犯合祀到靖国神社的事实。资料显示日本政府曾主导战犯合祀问题的事实恐将对中日、日韩关系产生微妙影响。此外，在中日共同历史研究过程中，日方碰到这样一份令政府棘手的资料集，“日本政府的认识可能再次遭到质疑”。
