温州市温瑞塘河整治工程指挥部(以下简称市温瑞塘河指挥部)是温州市人民政府综合整治与保护管理温瑞塘河的常设机构，内设综合处、规划计划处、建设处、管理处。主要职责是：

　　(一)按照市人民政府的部署，负责温瑞塘河综合整治与保护管理活动的统一指挥、协调、管理、监督。

　　(二)组织制订温州市温瑞塘河综合整治与保护管理规划及各项专项整治工程规划；制订年度综合整治与保护管理方案，报市人民政府下达执行；制订奖励办法。

　　(三)会同有关部门监督各专项整治工程的设计、建设企业的资质审核、招标投标等工作，并对建设工程的进度与质量进行监督、检查与验收。

　　(四)监督巡查温瑞塘河流域的河道；监督检查鹿城区、龙湾区、瓯海区、瑞安市、温州经济技术开发区河道清障、拆违以及河面保洁工作；检查垃圾入河情况。

　　(五)负责城市河道的建设与管理；对河道排放口的设置实施监督。

　　(六)建设和管理温瑞塘河水文水质实时在线监测系统。

　　(七)协同财政部门统筹安排、分配流域整治资金，并监督其使用。

　　(八)组织温瑞塘河流域的污染源调查、水环境科学研究、水污染防治经验和技术的推广以及水环境保护的宣传教育。

　　(九)办理市人民政府交办的其他有关事项。

　　市水利、环保、市政园林、规划、城管执法、建设、交通、海事、航管、农业、工商、国土资源、计划、经贸、财政、审计等部门应当按照各自职责，协同市温瑞塘河指挥部开展温瑞塘河整治和保护的相关工作。

　　鹿城区、龙湾区、瓯海区、瑞安市人民政府建立了相应的温瑞塘河整治指挥机构，市经济开发区由市政环保局负责温瑞塘河的整治工作。